เรื่องราวดำเนินต่อไปหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก โดย Shō Fukamachi (รับบทโดย David Hayter) ผู้ที่ได้สวมเกราะชีวะ Guyver ต้องต่อสู้กับองค์กร Chronos ซึ่งเป็นองค์กรลับที่มีเป้าหมายในการสร้างอาวุธชีวภาพ
ในภาคนี้ Shō ได้รับรู้ว่า Guyver มีความสามารถที่สูงขึ้นและสามารถต่อสู้กับศัตรูได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้น เขาได้พบกับ Guyver 2, ซึ่งเป็นนักรบอีกคนที่สวมเกราะชีวะและมีพลังที่น่าทึ่ง
เมื่อ Shō และ Guyver 2 ต้องร่วมมือกันในการต่อสู้กับศัตรูที่เป็นสัตว์ประหลาดที่เกิดจากการทดลองของ Chronos ทั้งสองต้องเผชิญกับการต่อสู้ที่เข้มข้นและความท้าทายที่ไม่รู้จบ
