เรื่องราวของ “Hack Quantum” มุ่งเน้นไปที่ Sakuya (รับบทโดย Miyuu), นักเล่นเกมส์ที่มีความสามารถพิเศษในการทะลุผ่านเกมต่าง ๆ เธอมีชีวิตที่ปกติในโลกจริง แต่ในขณะเดียวกันก็มีความหลงใหลในโลกของเกมส์ เมื่อเธอพบว่ามีความผิดปกติในเกมส์ที่เธอเล่นและเห็นว่าเพื่อนของเธอเริ่มหายไปอย่างลึกลับ
เพื่อหาความจริง, Sakuya ต้องใช้ความสามารถของเธอในการเข้าไปในเกมส์ที่มีความลึกลับและอันตราย ซึ่งเธอได้พบกับ Kenta (รับบทโดย Kenta Suga), ผู้ชายที่มีความสามารถเช่นเดียวกัน ทั้งคู่จึงร่วมมือกันเพื่อสืบสวนเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในเกมส์ และพยายามเปิดเผยความจริงเกี่ยวกับเหตุการณ์ที่ทำให้เพื่อนของพวกเขาหายไป
เมื่อพวกเขาเข้าไปลึกลงไปในโลกของเกมส์ พวกเขาต้องเผชิญกับความท้าทายและอันตรายที่เกิดจากการเล่นเกมส์ที่มีความลึกซึ้ง โดยต้องใช้ทักษะและความสามารถในการเอาชนะศัตรูที่มีอำนาจ
