ภาพยนตร์ติดตามชีวิตของ Agent 47 (รับบทโดย Rupert Friend), นักฆ่าที่มีความสามารถพิเศษและถูกฝึกฝนมาอย่างเข้มงวดเพื่อทำภารกิจลอบสังหารต่าง ๆ เขามีรหัสชื่อว่า 47 และได้รับมอบหมายให้ลอบสังหารเป้าหมายต่าง ๆ ทั่วโลก
เมื่อ Katia Van Dees (รับบทโดย Hannah Ware), หญิงสาวที่มีความสัมพันธ์กับองค์กรลับที่เกี่ยวข้องกับการทดลองสร้างนักฆ่า, ต้องหนีจากการตามล่าขององค์กรที่ต้องการจับเธอ Agent 47 ตัดสินใจช่วย Katia และค้นหาความจริงเกี่ยวกับอดีตของเธอ รวมถึงความเชื่อมโยงที่เธอมีต่อองค์กรที่สร้างเขาขึ้น
ระหว่างการค้นหาความจริง, Agent 47 ต้องเผชิญหน้ากับ John Smith (รับบทโดย Zachary Quinto), นักฆ่าจากองค์กรเดียวกันที่มีความสามารถเทียบเท่ากับเขา และทั้งคู่ต้องต่อสู้กันเพื่อความอยู่รอด
