ในภาคนี้, โลกเริ่มเข้าสู่ยุคที่น้ำแข็งเริ่มละลาย และสัตว์ต่าง ๆ ต้องหาทางหนีจากน้ำท่วมที่กำลังใกล้เข้ามา Manny, Sid และ Diego ต้องออกเดินทางเพื่อหาที่ปลอดภัยในขณะที่พวกเขาได้พบกับกลุ่มสัตว์ใหม่ ๆ ที่มีสีสัน รวมถึง Ellie (รับบทโดย Queen Latifah), แมมมอธสาวที่เชื่อว่าเธอเป็นตะกวด และ Crash กับ Eddie สัตว์ชินชิล่าที่ขี้เล่น
การเดินทางครั้งนี้เต็มไปด้วยอุปสรรคต่าง ๆ และความท้าทายที่ทำให้มิตรภาพของพวกเขาแข็งแกร่งขึ้น ขณะเดียวกันก็ต้องเผชิญกับภัยคุกคามจากน้ำท่วม
