ในภาคนี้ เรื่องราวเริ่มต้นจากการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นในยุคน้ำแข็ง เมื่อ Manny (เสียงพากย์โดย Ray Romano) และ Ellie (เสียงพากย์โดย Queen Latifah) ได้ตั้งครอบครัวและกำลังรอการเกิดของลูก ทำให้ Sid (เสียงพากย์โดย John Leguizamo) รู้สึกเหงาและต้องการมีครอบครัวด้วย จึงขโมยไข่ไดโนเสาร์และเริ่มต้นการเดินทางที่เต็มไปด้วยความวุ่นวาย
เมื่อไข่ฟักเป็นลูกไดโนเสาร์ Sid ก็ต้องเผชิญกับแม่ไดโนเสาร์ที่มีอารมณ์รุนแรง ซึ่งทำให้เขาต้องหนีไปยังโลกใต้ดินที่เต็มไปด้วยอันตราย ในขณะเดียวกัน Manny, Diego (เสียงพากย์โดย Denis Leary), และกลุ่มเพื่อนต้องตามหา Sid และพาลูกไดโนเสาร์กลับมา
