เรื่องราวเกิดขึ้น 20 ปีหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก เมื่อมนุษย์ได้ใช้เทคโนโลยีที่ได้มาจากการต่อสู้กับเอเลี่ยนในครั้งก่อนมาใช้ในการปกป้องโลก ในขณะที่มนุษย์พยายามสร้างกองกำลังป้องกันโลกใหม่ เอเลี่ยนกลุ่มใหม่ได้กลับมาอีกครั้งด้วยความมุ่งมั่นที่จะทำลายโลก
David Levinson (รับบทโดย Jeff Goldblum) และตัวละครอื่นๆ เช่น Captain Steven Hiller (รับบทโดย Bill Pullman) ต้องรวมตัวกันอีกครั้งเพื่อหยุดยั้งการรุกรานของเอเลี่ยนในขณะที่พวกเขาต้องเผชิญกับเทคโนโลยีใหม่ของศัตรูที่แข็งแกร่งขึ้น
