เรื่องราวเริ่มต้นที่ Sheeta (รับบทโดย Anna Paquin ในเวอร์ชันภาษาอังกฤษ), หญิงสาวที่มีสร้อยคอที่มีพลังลึกลับ ซึ่งช่วยให้เธอลอยอยู่กลางอากาศได้ เธอถูกลักพาตัวโดยกลุ่มทหารที่ต้องการใช้พลังของสร้อยคอเพื่อค้นหาสถานที่ลึกลับที่เรียกว่า Laputa, ปราสาทลอยฟ้าที่มีเทคโนโลยีล้ำสมัย
ในระหว่างที่ถูกลักพาตัว, Sheeta ได้พบกับ Pazu (รับบทโดย Shunji Igarashi), เด็กหนุ่มที่ทำงานในเหมืองที่มีความฝันในการค้นหา Laputa ด้วยกัน พวกเขาเริ่มการผจญภัยเพื่อค้นหาปราสาทที่สูญหายและความลับของมัน ขณะเดียวกันต้องต่อสู้กับกลุ่มทหารและโจรที่ต้องการครอบครอง Laputa เพื่อควบคุมพลังที่มีอยู่
