หลังจากการผจญภัยในมาดากัสการ์ในภาคแรก Alex (เสียงพากย์โดย Ben Stiller), Marty (เสียงพากย์โดย Chris Rock), Melman (เสียงพากย์โดย David Schwimmer), และ Gloria (เสียงพากย์โดย Jada Pinkett Smith) ต้องพยายามกลับบ้านสู่สวนสัตว์ในนิวยอร์ก พวกเขาใช้เครื่องบินเก่าที่สร้างโดยพวกเขาเอง แต่เครื่องบินกลับตกลงในแอฟริกา
ในแอฟริกา กลุ่มสัตว์พบกับสมาชิกครอบครัวของ Alex, โดยเฉพาะ Zuba (เสียงพากย์โดย Bernie Mac) และ Florrie (เสียงพากย์โดย Sherri Shepherd) พวกเขาเผชิญกับความท้าทายใหม่ ๆ รวมถึงการต้องแข่งขันเพื่อความสนใจในบทบาทของ Alex ในกลุ่ม และการต้องช่วยเหลือเพื่อนใหม่อย่าง Moto Moto (เสียงพากย์โดย Will.i.am) ที่มีเสน่ห์เฉพาะตัว
