หลังจากการผจญภัยในแอฟริกา กลุ่มสัตว์จากสวนสัตว์ Alex (เสียงพากย์โดย Ben Stiller), Marty (เสียงพากย์โดย Chris Rock), Melman (เสียงพากย์โดย David Schwimmer), และ Gloria (เสียงพากย์โดย Jada Pinkett Smith) ยังคงพยายามหาทางกลับบ้านสู่สวนสัตว์ในนิวยอร์ก พวกเขาตัดสินใจที่จะติดตามพวกนกเพนกวินที่หนีออกจากมาดากัสการ์ไปยังยุโรป
ในขณะที่พวกเขาอยู่ในยุโรป กลุ่มสัตว์ถูกไล่ล่าโดย Captain Chantel DuBois (เสียงพากย์โดย Frances McDormand) หญิงนักล่าสัตว์ที่มุ่งมั่นที่จะจับ Alex เพื่อเป็นความสำเร็จที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในชีวิตของเธอ เพื่อหลบหนีจากการถูกจับ พวกเขาต้องเข้าร่วมกับคณะละครสัตว์เพื่อสร้างการแสดงที่น่าตื่นตาตื่นใจและวางแผนหนี
