เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ เจ (วิลล์ สมิธ) ตำรวจที่มีฝีมือ แต่ต้องการทำงานที่น่าสนใจมากกว่าที่เป็นอยู่ ได้ถูกเลือกให้เข้าร่วมกับ เอ็มไอบี (Men in Black) หน่วยงานลับที่ทำหน้าที่ควบคุมและจัดการกับกิจกรรมของมนุษย์ต่างดาวบนโลก เขาได้พบกับ เค (ทอมมี่ ลี โจนส์) ซึ่งเป็นหน่วยจารชนที่มีประสบการณ์ในการทำงานนี้
ทั้งสองต้องทำงานร่วมกันเพื่อหยุดยั้งแผนการของมนุษย์ต่างดาวที่พยายามเข้ามาครอบครองโลก โดยเฉพาะการตามล่ามนุษย์ต่างดาวชื่อ หลิว (Vincent D’Onofrio) ที่มาหาอาวุธอันทรงพลังเพื่อทำลายโลก เรื่องราวเต็มไปด้วยการผจญภัย การต่อสู้ และการไขปริศนาต่างๆ
