เนื้อเรื่องของ “Men in Black II” เกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก เมื่อ เจ (วิลล์ สมิธ) ได้กลายเป็นหน่วยจารชนเอ็มไอบีที่มีชื่อเสียงและทำงานอย่างหนักเพื่อปกป้องโลกจากภัยคุกคามของมนุษย์ต่างดาว ในขณะที่ เค (ทอมมี่ ลี โจนส์) ได้เกษียณจากงานในหน่วยจารชนและหายไปจากชีวิตของเจ
เมื่อเกิดภัยคุกคามจาก มนุษย์ต่างดาวหญิงที่ชื่อว่า ลูซี่ (ลาร่า ฟลินน์ บอยล์) ซึ่งมีแผนที่จะทำลายโลก เจจึงต้องค้นหาเคเพื่อช่วยกันต่อสู้กับภัยคุกคามนี้ แต่เมื่อเจตามหาคีถึงจุดที่เขาอยู่ เขาพบว่าคีได้ลืมอดีตของเขาเกี่ยวกับงานในเอ็มไอบี ทำให้เจต้องหาวิธีช่วยให้คีฟื้นคืนความจำและร่วมมือกันเพื่อหยุดยั้งลูซี่
