ในภาคนี้ อีธาน ฮันท์ (รับบทโดย Tom Cruise) ถูกเรียกตัวกลับมาเพื่อหยุดยั้งแผนการของ อาเบล เฟลิกซ์ (รับบทโดย Dougray Scott), นักวิทยาศาสตร์ที่มีเจตนาร้าย เขาได้ขโมยไวรัสชีวภาพที่มีชื่อว่า “Chimera” ซึ่งสามารถทำให้เกิดโรคระบาดร้ายแรงและมีอันตรายถึงชีวิต
อีธานต้องร่วมมือกับ นีล่า (รับบทโดย Thandiwe Newton), หญิงสาวที่เป็นส่วนหนึ่งของแผนการ และกลุ่มของเขาต้องเผชิญหน้ากับความท้าทายมากมาย ในขณะที่ต้องใช้ทักษะการต่อสู้และการสร้างกลยุทธ์ที่ชาญฉลาดในการหยุดยั้งอาเบล
