ในฤดูกาลที่ 3 นี้ เรื่องราวยังคงติดตามการผจญภัยของ Twilight Sparkle และเพื่อน ๆ ของเธอ ซึ่งรวมถึง Applejack, Fluttershy, Rarity, Pinkie Pie, และ Rainbow Dash ที่อาศัยอยู่ในเมือง Ponyville
ฤดูกาลนี้มุ่งเน้นไปที่การสำรวจแนวคิดเกี่ยวกับมิตรภาพและการเรียนรู้จากความผิดพลาด ผ่านการผจญภัยต่าง ๆ ที่ทั้งกลุ่มโพนี่ต้องเผชิญ โดยมีทั้งบทเรียนในเรื่องของความเข้าใจ, ความเห็นอกเห็นใจ, และการทำงานร่วมกัน
นอกจากนี้ ฤดูกาลนี้ยังมีการเปิดตัวตัวละครใหม่ ๆ และเหตุการณ์สำคัญที่เกี่ยวข้องกับ Princess Twilight Sparkle เมื่อเธอเริ่มค้นพบบทบาทใหม่ในชีวิตของเธอในฐานะผู้ปกป้องมิตรภาพ
