เรื่องราวเกิดขึ้นเมื่อ Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha, และ Sakura Haruno ถูกส่งไปทำภารกิจเพื่อค้นหา Gelel Stone ซึ่งเป็นหินที่มีพลังมหาศาลที่สามารถเปลี่ยนแปลงโลกได้
ในระหว่างการเดินทาง พวกเขาได้พบกับ Temujin, ผู้นำกลุ่มทหารที่ต้องการใช้พลังของ Gelel Stone เพื่อสร้างอำนาจเหนือโลก ในขณะเดียวกัน Naruto และเพื่อน ๆ ต้องต่อสู้กับกลุ่มศัตรูที่มีพลังพิเศษและปกป้องหินนี้จากการตกไปอยู่ในมือของคนไม่ดี
