ในภาคนี้ Naruto Uzumaki, Sasuke Uchiha, และ Sakura Haruno ได้รับมอบหมายภารกิจใหม่ในการปกป้อง เจ้าชาย ของ Crescent Moon Kingdom และช่วยป้องกันการก่อการร้ายจากกลุ่มที่มีแผนการร้ายในการลอบสังหารเขา
เมื่อกลุ่มนักรบที่มีทักษะพิเศษเริ่มเข้ามาเกี่ยวข้องและพยายามขัดขวางภารกิจของพวกเขา Naruto และเพื่อน ๆ ต้องต่อสู้เพื่อปกป้องเจ้าชายและอาณาจักรจากการถูกทำลาย
ในระหว่างการผจญภัย พวกเขายังได้ค้นพบความหมายของมิตรภาพและความรับผิดชอบในการช่วยเหลือผู้อื่น
