เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ Naruto Uzumaki ถูกจับกุมโดยกลุ่มนินจาที่มาจาก Konoha โดยเขาถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้กระทำผิดในเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นใน Kumogakure (หมู่บ้านเมฆ) ซึ่งส่งผลให้เขาถูกส่งไปยัง Blood Prison หรือ คุกเลือด ที่มีชื่อเสียงว่าเป็นสถานที่ที่น่ากลัวและเต็มไปด้วยอันตราย
ในคุกนี้ Naruto ต้องเผชิญกับความท้าทายมากมาย รวมถึงการพบกับนักโทษอื่น ๆ ที่มีพลังและความสามารถที่หลากหลาย เขาต้องพยายามหาทางหลบหนีจากคุกและพิสูจน์ความบริสุทธิ์ของตัวเอง
ระหว่างการต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดในคุก Naruto ยังได้สร้างสายสัมพันธ์กับนักโทษอื่น ๆ และค้นพบความลับที่อยู่เบื้องหลังเหตุการณ์ที่ทำให้เขาถูกจับกุม
