เรื่องราวในภาพยนตร์นี้เกิดขึ้นในโลกนินจาที่มีความตึงเครียดสูงขึ้น เมื่อเกิดเหตุการณ์ที่มีนินจาในหมู่บ้านต่าง ๆ หายไป โดยเฉพาะอย่างยิ่ง Konoha (หมู่บ้านใบไม้) ซึ่งทำให้เกิดความกลัวว่าอาจมีการก่อการร้ายหรือสงครามเกิดขึ้น
ในขณะเดียวกัน Konoha ต้องการปกป้อง Naruto Uzumaki จากการถูกตามล่า เนื่องจากเขาเป็นเจ้าของพลังของ Nine-Tails (Kyuubi) ซึ่งมีอำนาจมหาศาล
Kakashi Hatake และ Naruto ต้องร่วมมือกันเพื่อหยุดยั้งแผนการที่ไม่ดีนี้ ในระหว่างการเดินทาง Naruto ได้เรียนรู้เกี่ยวกับความสำคัญของเจตจำนงแห่งไฟและความมุ่งมั่นในการปกป้องเพื่อนและหมู่บ้านของเขา
