ในภาพยนตร์นี้, Naruto Uzumaki (นารูโตะ อุซึมากิ) ได้รับภารกิจให้เดินทางไปยังประเทศที่มีชื่อว่า “Tower of Heaven” ที่มีหอคอยเก่าแก่ซึ่งมีความสำคัญในอดีต แต่ระหว่างที่เขาเดินทางไป, เขาและทีมของเขา (ซึ่งรวมถึง Sakura Haruno และ Kakashi Hatake) ถูกส่งกลับไปในเวลาที่ต่างกัน ทำให้พวกเขาต้องต่อสู้กับภัยคุกคามที่เกิดจากอดีต
ในระหว่างการผจญภัย, Naruto ได้พบกับ Mitsuki, นักรบที่มีพลังพิเศษ และพวกเขาต้องร่วมมือกันเพื่อหยุด Konoha จากการถูกทำลายโดย Kinkaku, ตัวร้ายที่ต้องการใช้พลังจากหอคอยเพื่อการครอบครอง
