ใน Season 2, Nikita ยังคงต่อสู้กับ Division โดยมีเป้าหมายในการช่วยเหลือและคุ้มครองผู้ที่ถูก Division ทำร้าย ในฤดูกาลนี้ เรื่องราวจะมุ่งเน้นไปที่การเปิดเผยความลับและการต่อสู้ภายในระหว่าง Nikita และทีมของเธอ โดยเฉพาะกับ Alex (แสดงโดย Lyndsy Fonseca), นักฆ่าที่เคยอยู่ใน Division และกำลังเรียนรู้ที่จะเป็นฝ่ายดี
ในขณะเดียวกัน, Division ก็มีความพยายามที่จะจับ Nikita โดยใช้ Michael (แสดงโดย Shane West) ในฐานะผู้ที่มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับ Nikita เพื่อเป็นคนที่สามารถหยุดเธอได้ การพัฒนาอารมณ์ระหว่าง Nikita และ Michael จะทำให้เรื่องราวมีความเข้มข้นมากขึ้น
