เรื่องราวเริ่มต้นที่ Skipper (ให้เสียงโดย Tom McGrath), Kowalski (ให้เสียงโดย Chris Miller), Rico (ให้เสียงโดย Conrad Vernon), และ Private (ให้เสียงโดย Christopher Knights) ซึ่งเป็นทีมเพนกวินที่ทำภารกิจที่ไม่ธรรมดาในการปกป้องสัตว์ในสวนสัตว์
เมื่อพวกเขาเผชิญหน้ากับ Dave (ให้เสียงโดย John Malkovich), หอยทากที่ต้องการแก้แค้นเพนกวินที่ขโมยความสนใจจากเขา ทีมเพนกวินจึงต้องทำงานร่วมกันเพื่อหยุดแผนการชั่วร้ายของ Dave และช่วยเหลือสัตว์อื่น ๆ ในสวนสัตว์
