เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ มิวทู (Mewtwo) ซึ่งเป็นโปเกมอนที่ถูกสร้างขึ้นจากการทดลองทางวิทยาศาสตร์ ถูกสร้างขึ้นจาก DNA ของโปเกมอนที่ทรงพลังชื่อ มิว (Mew) มิวทูมีความสามารถเหนือมนุษย์และโปเกมอนทั่วไป แต่เขากลับรู้สึกแค้นเคืองต่อผู้ที่สร้างเขาขึ้นมา
ในความพยายามที่จะพิสูจน์ความแข็งแกร่งของเขา มิวทูได้จัดการแข่งขันที่เต็มไปด้วยโปเกมอนเพื่อท้าทาย แอช (Ash Ketchum) และเพื่อนๆ ของเขา เมื่อการต่อสู้เริ่มขึ้น มิวทูต้องเผชิญหน้ากับความขัดแย้งภายในเกี่ยวกับตัวตนของเขาและความหมายของความเป็นโปเกมอน
