เรื่องราวเริ่มต้นในป่าลึกที่ชื่อว่า Okoya ซึ่งมีความลับและความมหัศจรรย์ที่ซ่อนอยู่ในนั้น Ash Ketchum (รับเสียงโดย Rica Matsumoto) และ Pikachu ได้เดินทางเข้าไปในป่าและพบกับ Koko, เด็กชายที่เติบโตในป่าและมีความผูกพันอย่างลึกซึ้งกับ Zarude ซึ่งเป็นโปเกมอนประเภทลิงที่มีพลังเหนือธรรมชาติ
Koko ต้องการพิสูจน์ให้ทุกคนเห็นว่าเขาสามารถอยู่ร่วมกับมนุษย์และโปเกมอนได้ เมื่อ Ash และ Koko ต้องเผชิญหน้ากับอันตรายจากการบุกรุกของมนุษย์ในป่า ทั้งสองต้องร่วมมือกันเพื่อปกป้องบ้านของพวกเขาและรักษาสมดุลของธรรมชาติ
