เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ Ash และ Pikachu ได้รับการเชิญให้ไปยังเมืองที่มีชื่อว่า Melemele Island เพื่อช่วยเหลือ Volcanion ซึ่งเป็นโปเกมอนที่มีลักษณะเป็นไฟและน้ำ โดย Volcanion ถูกกล่าวหาว่าเป็นภัยต่อเมือง และในขณะที่มันหนีการไล่ล่าของเจ้าหน้าที่ มันก็ได้พบกับ Ash และ Pikachu
Ash และ Volcanion ต้องทำงานร่วมกันเพื่อต่อสู้กับ Abyssal ซึ่งเป็นองค์กรที่ต้องการใช้พลังของ Zygarde เพื่อควบคุมโลก Volcanion ยังต้องการช่วย Magearna ซึ่งเป็นโปเกมอนที่ถูกสร้างขึ้นจากการทดลองทางวิทยาศาสตร์และมีความสามารถพิเศษ
