เรื่องราวเกิดขึ้นในเมือง นิวยอร์ก ที่เต่านินจาสี่ตัว Leonardo, Michelangelo, Donatello, และ Raphael ต้องเผชิญกับภัยคุกคามใหม่จาก Baron Draxum ที่มีแผนการจะยึดครองโลก โดยมีการใช้พลังที่มาจากพ่อมดโบราณเพื่อควบคุมพลังของเต่านินจา
ในขณะที่เต่านินจาพยายามหยุด Baron Draxum, พวกเขายังต้องเรียนรู้เกี่ยวกับความรับผิดชอบของการเป็นฮีโร่และการทำงานร่วมกันในฐานะทีม โดยการต่อสู้กับศัตรูและการผจญภัยที่น่าตื่นเต้น พวกเขายังต้องสำรวจความสัมพันธ์ระหว่างกันและการค้นหาตัวตนที่แท้จริง
