เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ Scooby-Doo และกลุ่ม Mystery Inc. (Shaggy, Fred, Daphne, และ Velma) ได้ร่วมมือกับ Batman และ Robin เพื่อต่อสู้กับอาชญากรรมในเมือง Gotham ขณะที่พวกเขาต้องเผชิญหน้ากับเหล่าวายร้ายที่เป็นที่รู้จักกันดี เช่น The Joker และ Harley Quinn
ในการผจญภัยครั้งนี้ ทั้งสองทีมต้องทำงานร่วมกันเพื่อไขปริศนาและหยุดยั้งแผนการร้ายที่เกิดขึ้นในเมือง Gotham โดยมีการผสมผสานระหว่างความตลกขบขันของ Scooby-Doo กับความเข้มข้นของ Batman ทำให้เรื่องราวเต็มไปด้วยอารมณ์ขันและการไขปริศนา
