ในซีซันนี้ Clark Kent ยังคงต่อสู้กับการค้นหาตัวตนและการควบคุมพลังเหนือธรรมชาติของเขา ในขณะที่เขาเผชิญกับความท้าทายใหม่ ๆ ที่เข้ามาในชีวิต รวมถึงการค้นพบความจริงเกี่ยวกับอดีตของเขาและความสัมพันธ์กับครอบครัวของเขา
Lana Lang (รับบทโดย Kristin Kreuk) และ Lex Luthor (รับบทโดย Michael Rosenbaum) เป็นตัวละครที่มีบทบาทสำคัญในซีซันนี้ โดย Lana ยังเป็นความรักที่มีอิทธิพลต่อชีวิตของ Clark ขณะที่ Lex กำลังต่อสู้กับการต่อสู้ภายในตัวเองและความสัมพันธ์ที่ซับซ้อนกับ Clark
ซีซันนี้ยังนำเสนอการต่อสู้กับศัตรูใหม่ ๆ ที่เกิดจากผลกระทบของ Kryptonite ซึ่งทำให้ Clark ต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามและการปกป้องผู้คนใน Smallville
