เรื่องราวเกิดขึ้นในอนาคตอันใกล้เมื่อมนุษยชาติได้เริ่มสำรวจอวกาศ แต่ต้องเผชิญกับภัยคุกคามจาก ผู้บุกรุก ที่เข้ามาคุกคามความสงบสุขของโลก ในขณะที่รัฐบาลที่มีอำนาจกลับตัดสินใจทำลายเสรีภาพของประชาชน
Captain Harlock (ให้เสียงโดย Shun Oguri) เป็นสลัดอวกาศที่ไม่ยอมรับการกดขี่และตัดสินใจที่จะต่อสู้เพื่อเสรีภาพและความยุติธรรม เขาและทีมของเขาได้ใช้เรือ Arcadia ในการเดินทางไปยังอวกาศเพื่อต่อสู้กับอำนาจที่ไม่เป็นธรรมและปกป้องมนุษยชาติ
