ในภาคนี้ เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก เมื่อ ซิล (Natasha Henstridge) สายพันธุ์มนุษย์ผสมเอเลี่ยน ถูกกำจัดในภาคก่อน แต่การทดลองที่เธอมีส่วนเกี่ยวข้องยังไม่สิ้นสุด
ในขณะที่การเดินทางไปยังอวกาศ นักบินอวกาศคนหนึ่งชื่อ แพตริค (รับบทโดย Michael Madsen) ได้สัมผัสกับ DNA ของซิล ซึ่งทำให้เขากลายเป็นสายพันธุ์ใหม่ที่มีความสามารถในการผลิตและแพร่พันธุ์ สายพันธุ์นี้มีแนวโน้มที่จะล่าผู้หญิงเพื่อขยายพันธุ์
เมื่อการฆาตกรรมเกิดขึ้น ทีมงานที่นำโดย ดร. สเตลล่า (รับบทโดย Marg Helgenberger) และ กัปตันจอห์น (รับบทโดย Laurence Fishburne) ต้องทำงานร่วมกันเพื่อตามล่าซุปเปอร์สายพันธุ์นี้และหยุดยั้งการแพร่พันธุ์ที่อาจทำให้เกิดภัยพิบัติร้ายแรงต่อมนุษยชาติ
