ในภาคนี้ Stuart Little (ให้เสียงโดย Michael J. Fox) กลับมาอีกครั้ง พร้อมกับครอบครัว Little ที่นำโดย Mr. Little (รับบทโดย Hugh Laurie) และ Mrs. Little (รับบทโดย Geena Davis) หลังจากที่ Stuart ได้ปรับตัวเข้ากับชีวิตในครอบครัวและได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของบ้านแล้ว
ในขณะที่เขาใช้ชีวิตอยู่ในนิวยอร์ก ซิตี้, Stuart ได้พบกับ Margalo (ให้เสียงโดย Brenda Song), นกที่น่ารักซึ่งต้องการความช่วยเหลือ เนื่องจาก Margalo กำลังหนีจากศัตรูที่น่ากลัวคือ Falcon (ให้เสียงโดย James Woods), นกผู้ล่า
Stuart ตัดสินใจที่จะช่วย Margalo และในระหว่างการผจญภัยนี้ เขาได้เรียนรู้เกี่ยวกับความกล้าหาญ, มิตรภาพ และความสำคัญของการยืนหยัดเพื่อตนเองและคนที่เขารัก
