เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากที่ซูเปอร์แมน (แบรนดอน รุธ) ได้หายไปจากโลกเป็นเวลาห้าปี เมื่อเขากลับมาที่โลก เขาพบว่าโลอิส เลน (เคต บลังเชตต์) ได้มีชีวิตใหม่และมีลูกชายชื่อ เจสัน (รับบทโดย พาร์คเกอร์ เพนน์) ซึ่งเขาต้องการจะรู้ว่าตัวเองมีบทบาทอย่างไรในชีวิตของเธอและลูก รวมถึงการเผชิญหน้ากับศัตรูเก่าอย่าง เล็กซ์ ลูเธอร์ (เควิน สเปซีย์) ที่กลับมาพร้อมกับแผนการร้ายในการทำลายโลก
