ในภาพยนตร์นี้ เต่านินจา Leonardo, Michelangelo, Donatello, และ Raphael ต้องเผชิญหน้ากับความท้าทายใหม่เมื่อพวกเขาพยายามที่จะปรับตัวเข้ากับโลกมนุษย์และเป็นส่วนหนึ่งของสังคม พวกเขาต้องการที่จะได้รับการยอมรับจากคนทั่วไป และในระหว่างทาง พวกเขาได้พบกับเพื่อนใหม่และต้องต่อสู้กับศัตรูที่มีอำนาจ
การผจญภัยในครั้งนี้ทำให้พวกเขาต้องใช้ทักษะการต่อสู้และความเฉลียวฉลาดในการเอาชนะอุปสรรคต่าง ๆ รวมถึงการเปิดเผยความจริงเกี่ยวกับการเป็น “มนุษย์” ของพวกเขา
