ในภาคนี้ เรื่องราวเกิดขึ้นหลายปีหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก โดย Tim Templeton (ให้เสียงโดย James Marsden) และ Boss Baby (ให้เสียงโดย Alec Baldwin) เติบโตขึ้นและแยกย้ายกันไปใช้ชีวิตอย่างผู้ใหญ่ Tim ได้เป็นพ่อของลูกสาวที่ชื่อ Tabitha ขณะที่ Boss Baby กลายเป็นเด็กทารกอีกครั้ง แต่ยังคงทำงานเป็นผู้บริหารในองค์กรของทารก
เมื่อ Tabitha เริ่มประสบปัญหากับความกดดันในโรงเรียน Boss Baby และ Tim ต้องรวมตัวกันอีกครั้งเพื่อทำภารกิจพิเศษ ซึ่งเป็นการป้องกันแผนการของ Francis E. Francis (ให้เสียงโดย Jeff Goldblum) ที่มีแผนการร้ายในการควบคุมเด็ก ๆ ในเมือง
