หลังจากเหตุการณ์ใน The Bourne Supremacy, Jason Bourne ยังคงพยายามค้นหาความจริงเกี่ยวกับอดีตของเขาและเผยแพร่ความลับที่เกี่ยวข้องกับโครงการ Treadstone และการฝึกจารชนที่เขาเป็นส่วนหนึ่ง ในภาคนี้ Bourne เดินทางไปยังหลายประเทศเพื่อหาความจริงเกี่ยวกับตัวตนของเขาและหยุดการติดตามจากหน่วยงานรัฐบาลที่ต้องการจะกำจัดเขา
ระหว่างการค้นหา Bourne ต้องเผชิญกับการไล่ล่าจาก หน่วยงาน CIA และถูกตามล่าจาก เจ้าหน้าที่ที่ไม่ปรากฏชื่อ ซึ่งทำให้เขาต้องใช้ทักษะการต่อสู้และการเอาชีวิตรอดของเขาเพื่อหลบหนีและค้นหาความจริงเกี่ยวกับการสร้างเขา
