ในซีซั่นที่ 2 ของ The Good Doctor ดำเนินเรื่องต่อจากการพัฒนาของ Dr. Shaun Murphy ซึ่งเป็นแพทย์ที่มีอาการออทิสติกและมีซินโดรม savant เขาได้ทำงานในโรงพยาบาล San Jose St. Bonaventure และต้องเผชิญกับความท้าทายต่าง ๆ ทั้งในด้านการแพทย์และการสร้างความสัมพันธ์กับเพื่อนร่วมงาน
ในซีซั่นนี้จะมีการสำรวจการเติบโตและพัฒนาการของ Shaun ขณะที่เขาพยายามพิสูจน์ความสามารถของเขาในฐานะแพทย์ และในขณะเดียวกันก็ต้องรับมือกับการตัดสินใจที่ยากลำบาก ความซับซ้อนในความสัมพันธ์กับเพื่อนร่วมงานและความท้าทายจากผู้บริหารโรงพยาบาล