เรื่องราวในภาพยนตร์นี้เกิดขึ้นหลังจากสงครามนินจาครั้งที่สี่ โดยโลกนินจาอยู่ในช่วงเวลาที่สงบสุข แต่ภัยคุกคามใหม่กำลังเกิดขึ้นเมื่อ Toneri Otsutsuki ซึ่งเป็นผู้สืบทอดจากตระกูล Otsutsuki วางแผนที่จะทำลายโลกเพื่อแสวงหาพลังอันยิ่งใหญ่
Naruto Uzumaki ต้องทำหน้าที่ในการปกป้อง Sakura Haruno และเพื่อน ๆ โดยเฉพาะ Hinata Hyuga ซึ่งเขามีความรู้สึกพิเศษต่อเธอ การเดินทางเพื่อหยุดยั้ง Toneri และช่วย Hinata จากการถูกจับตัว ทำให้ Naruto ได้เรียนรู้ถึงความรักและความรับผิดชอบที่มีต่อคนรอบข้าง
ในระหว่างการต่อสู้ Naruto ต้องเผชิญกับความท้าทายทางอารมณ์และการเติบโตในฐานะนินจา โดยเขาต้องตัดสินใจในเรื่องความรักและมิตรภาพในขณะเดียวกัน
