เรื่องราวใน “The Matrix Reloaded” เกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก Neo (รับบทโดย Keanu Reeves) ได้รับการยอมรับในฐานะ The One ซึ่งเป็นผู้ที่มีพลังพิเศษในการต่อสู้กับระบบที่ควบคุมโลก Matrix เขาเริ่มมีความสัมพันธ์ที่ลึกซึ้งกับ Trinity (รับบทโดย Carrie-Anne Moss) และมีบทบาทสำคัญในการต่อสู้กับ Machines ที่ควบคุมโลกมนุษย์
ในขณะเดียวกัน, เมือง Zion ซึ่งเป็นที่หลบภัยของมนุษย์ยังคงเผชิญหน้ากับการโจมตีจาก Machines Neo, Morpheus (รับบทโดย Laurence Fishburne), และ Trinity ต้องค้นหาความจริงเกี่ยวกับอนาคตของ Zion และการต่อสู้กับศัตรูที่มีอำนาจมากขึ้นใน Matrix
Neo ได้พบกับตัวละครใหม่ ๆ เช่น The Architect, ซึ่งเป็นผู้สร้าง Matrix และเปิดเผยความลับเกี่ยวกับ destiny ของ Neo และเหตุผลที่เขาต้องทำสิ่งที่เขาทำ
