เรื่องราวใน “The Matrix Resurrections” เกิดขึ้นหลายปีหลังจากเหตุการณ์ในภาคก่อนหน้านี้ โดยเน้นไปที่ Thomas Anderson (รับบทโดย Keanu Reeves), ที่ปัจจุบันใช้ชีวิตเป็นนักพัฒนาเกมในซานฟรานซิสโก โดยที่เขาไม่รู้เลยว่าชีวิตของเขาเป็นเพียงส่วนหนึ่งของ Matrix และมีความจริงที่ลึกซึ้งซ่อนอยู่
Thomas เริ่มมีความฝันเกี่ยวกับอดีตและภาพของ Trinity (รับบทโดย Carrie-Anne Moss), ผู้หญิงที่เขารัก ซึ่งเขาไม่สามารถลืมได้ วันหนึ่งเขาได้พบกับ Bugs (รับบทโดย Jessica Henwick) ที่เปิดเผยให้เขารู้ว่า Matrix ยังไม่สิ้นสุดและมีการกลับมาของศัตรูเก่า
Thomas ต้องค้นหาความจริงเกี่ยวกับตัวเขาเองและพยายามออกจาก Matrix อีกครั้ง พร้อมกับการร่วมมือกับ Trinity และกลุ่มนักสู้ที่ยังคงต่อสู้เพื่อเสรีภาพ
