ภาคนี้ติดตามเรื่องราวของ Atreyu (รับบทโดย Kito) ที่กลับมาสำรวจโลกของ Fantasia ซึ่งตอนนี้กำลังเผชิญกับภัยคุกคามจากความชั่วร้ายที่เพิ่มขึ้น โดยเฉพาะ The Shadow ที่ต้องการทำลายโลกแห่งจินตนาการนี้
ในขณะเดียวกัน, Bastian Balthazar Bux (รับบทโดย Jonathan Brandis), เด็กชายที่เคยมีส่วนร่วมในภาคแรก ต้องกลับไปยัง Fantasia เพื่อช่วยเหลือ Atreyu และเอาชนะอันตรายที่เกิดขึ้น เขาได้พบกับการผจญภัยใหม่ ๆ และการพัฒนาความสัมพันธ์กับตัวละครต่าง ๆ ที่เขาเคยรู้จัก
