ในภาคนี้ เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อ Gary, หอยทากคู่ใจของ SpongeBob SquarePants (เสียงพากย์โดย Tom Kenny) ถูกลักพาตัวไปที่ แอตแลนติส โดยมี SpongeBob และ Patrick (เสียงพากย์โดย Bill Fagerbakke) ต้องออกเดินทางไปช่วย Gary
ในระหว่างการเดินทางที่เต็มไปด้วยความตื่นเต้นและอุปสรรค, SpongeBob และ Patrick ได้พบกับตัวละครใหม่และเผชิญกับการผจญภัยที่ไม่คาดคิด ขณะที่พวกเขาพยายามตามหา Gary และนำเขากลับบ้าน
