เรื่องราวในภาพยนตร์เกิดขึ้นหลายปีหลังจากที่ซีรีส์สิ้นสุดลง โดย Mulder และ Scully ที่เคยเป็นคู่หูในการสืบสวนเรื่องราวเหนือธรรมชาติและการสมคบคิด ตอนนี้พวกเขาแยกทางกันและใช้ชีวิตที่แตกต่างกัน Mulder ยังคงอยู่ในโลกของการค้นหาความจริงในขณะที่ Scully ทำงานเป็นหมอและพยายามที่จะนำชีวิตที่สงบสุข
เมื่อมีการหายตัวไปของเด็กสาวคนหนึ่ง และตำรวจได้พบกับนักบวชที่มีพลังเหนือธรรมชาติ Mulder และ Scully ถูกเรียกให้เข้ามาสืบสวนคดีนี้อีกครั้ง แม้ว่าจะมีแรงกดดันจากผู้บังคับบัญชาและสังคมที่มองว่าพวกเขาเป็นผู้ที่เชื่อในสิ่งที่ไร้สาระ ทั้งคู่ต้องหันกลับมาสู่โลกของความเชื่อและการค้นหาความจริงที่ซ่อนอยู่
