เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในภาพยนตร์ “Thor” และ “The Avengers” โดย Thor (รับบทโดย Chris Hemsworth) ต้องเผชิญกับภัยคุกคามใหม่จาก Malekith (รับบทโดย Christopher Eccleston), ผู้นำของเผ่าพันธุ์ Dark Elves ที่ต้องการฟื้นฟู Aether (ซึ่งเป็นพลังที่สามารถทำลายจักรวาล) เพื่อทำลาย Nine Realms
เมื่อ Jane Foster (รับบทโดย Natalie Portman) ถูกดึงเข้าสู่โลกแห่งความมืดจาก Aether, Thor ต้องพาเธอกลับไปยัง Asgard เพื่อหาวิธีหยุด Malekith และปกป้องโลกจากการทำลาย
ในระหว่างการต่อสู้ Thor ต้องร่วมมือกับ Loki (รับบทโดย Tom Hiddleston) ซึ่งเป็นศัตรูในอดีต แต่เขาก็เป็นตัวช่วยที่สำคัญในภารกิจนี้ นอกจากนี้ยังมีการเปิดเผยเรื่องราวเกี่ยวกับความสัมพันธ์ในครอบครัวและอดีตของ Thor และ Loki
