เรื่องราวเริ่มต้นด้วย Wolverine (รับบทโดย Hugh Jackman), มนุษย์กลายพันธุ์ที่มีพลังในการฟื้นฟูตัวเองและมีกรงเล็บเหล็กที่สามารถยิงออกมาได้ เขาได้พบกับ Rogue (รับบทโดย Anna Paquin), หญิงสาวที่มีพลังดูดซับพลังชีวิตจากคนอื่น และกำลังหลบหนีจากความอันตราย
ทั้งคู่ถูกนำไปยัง Xavier’s School for Gifted Youngsters, โรงเรียนที่ก่อตั้งโดย Professor Charles Xavier (รับบทโดย Patrick Stewart) ซึ่งเป็นผู้นำของกลุ่ม X-Men ที่พยายามสร้างความเข้าใจระหว่างมนุษย์และมนุษย์กลายพันธุ์
