หลังจากเหตุการณ์ใน “X-Men: The Last Stand” (2006) Wolverine หรือ Logan ยังคงรู้สึกทุกข์ทรมานจากการสูญเสีย Jean Grey (รับบทโดย Famke Janssen) ซึ่งเขารัก เขาตัดสินใจออกเดินทางไปยังประเทศญี่ปุ่นเพื่อหนีจากอดีตและค้นหาความสงบในชีวิต
เมื่อ Logan มาถึงญี่ปุ่น เขาได้พบกับ Yashida (รับบทโดย Haruhiko Yamanouchi), คนที่เคยอยู่ในสงครามโลกครั้งที่สองที่ Logan ได้ช่วยชีวิตในอดีต Yashida เสนอให้ Logan ได้รับการรักษาเพื่อลดพลังฟื้นฟูของเขา แต่ Logan ต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามจากกลุ่มอาชญากรในญี่ปุ่นและการทดลองของ Yashida ที่มีแผนการชั่วร้าย
ในขณะที่เขาต่อสู้เพื่อปกป้อง Mariko (รับบทโดย Tao Okamoto), หลานสาวของ Yashida, Logan ต้องเผชิญหน้ากับความกลัวและความเสียใจจากอดีต ในระหว่างที่เขาพยายามหาความหมายของชีวิตและการมีอยู่ของตน
